技能系统是决定战斗力的核心要素之一，主要分为专属技能、兵种技能和辅助技能三大类。专属技能是英雄独有的被动或主动效果，通常提供高额属性加成或特殊战斗机制，例如喀秋莎的触发率提升或威震天的全军攻击增益。兵种技能则针对陆军、海军、空军三类兵种提供定向强化，如稀有增伤、减伤等属性。辅助技能属于通用型，适用于所有英雄，包括出征上限、采集加速等实用功能。技能等级从1级到7级，每级提升需消耗大量同类技能碎片，其中专属技能5级（专五）是性价比最高的关键节点，能为英雄带来质变。
英雄技能的佩戴策略需结合战斗场景调整。PVP（玩家对战）中，优先选择稀有出征、增伤、减伤、生命或专属技能的组合，以最大化攻防平衡；PVE（副本挑战）则侧重暴击、暴伤等输出类技能。英雄等级和职业科技会影响技能槽数量，例如100级英雄可解锁全部5个技能槽，而职业第七排科技可为特定兵种英雄额外增加一个技能位。技能合成规则为3合1，建议优先保证技能数量再提升等级，避免资源浪费。
1级专属技能可通过活动、礼包或招募获得，而高阶专属需通过合成（如专五需81个1级碎片）。部分联动英雄的专属技能具有独特机制，如阿尔茜的智能超频能为前排陆军提供印记炮弹。对于平民玩家，建议集中资源培养1-2个核心英雄的专属技能至5级，而非分散投资。技能芯片兑换时，若已有成型英雄阵容，优先选择专属宝箱；若处于开荒期，稀有技能宝箱的泛用性更高。
辅助技能虽不直接参与战斗，但对资源运营和战略部署至关重要。采集类技能（如野外采集速度、粮食产量）能加速资源积累；造兵加速类技能可缩短部队训练时间，尤其在联盟战或方舟争夺战中能快速补充兵力。城防设置中，守城部队的技能搭配需兼顾生存与反制能力，例如搭配稀有减伤和生命技能以延长防守时间。部分活动如个人保卫战对技能触发顺序有隐性要求，需根据敌军兵种轮换调整技能优先级。
技能系统的深度还体现在天赋与技能的联动上。英雄升至五星后可解锁天赋系统，天赋满级需400-440个碎片，与专属技能形成互补。例如马克西莫的天赋雷电射线配合专属技能可大幅提升空军生存能力。玩家需注意，天赋一旦交换，原天赋将消失，因此需谨慎选择重置时机。对于零氪玩家，建议优先保留稀有增伤、减伤、双出征等核心技能，分解韧性、闪避等非必要技能以节省库存空间。
口袋奇兵的技能体系强调策略性与资源规划。玩家需根据自身阵容、兵种偏好和游戏阶段动态调整技能配置，同时关注版本更新对技能机制的调整。通过合理分配技能碎片、优化佩戴方案，即使平民玩家也能在游戏中逐步构建具有竞争力的战斗体系。
